Instytut Nauk o Morzu i Środowisku, utworzony decyzją senatu Uniwersytetu Szczecińskiego 01.10.2019 roku, jest kontynuatorem Instytutu Nauk o Morzu, który rozpoczął swoje funkcjonowanie w ramach Wydziału Biologii i Nauk o Morzu Uniwersytetu Szczecińskiego w dniu 1 października 1990 r. Wtedy utworzyły go następujące zakłady naukowe: Teledetekcji i Kartografii Morskiej, Oceanografii Fizycznej, Geomorfologii Morskiej, Klimatologii i Meteorologii Morskiej, Geografii Ekonomicznej Morza, Oceanografii Biologicznej oraz samodzielna Pracownia Dydaktyki Geografii. Dyrektorem Instytutu Nauk o Morzu, od momentu jego powołania do 30.09.2018, był prof. dr hab. Stanisław Musielak (wyłączając kadencję 1996-1999, w której sprawował on funkcję prorektora US).

Z dniem 1 października 1992 r. Instytut Nauk o Morzu wszedł w strukturę organizacyjną Wydziału Nauk Przyrodniczych. W tym też czasie, do Instytutu został włączony Zakład Geologii Morza i Pobrzeża, działający wcześniej w strukturze wydziału jako samodzielna katedra.

W roku 1994 w ramach INoM funkcjonowało siedem zakładów dydaktyczno-naukowych: Geografii Ekonomicznej Morza (dr J. Musielak), Geologii Morza i Pobrzeża (prof. dr hab. R. Racinowski), Geomorfologii Morskiej (dr hab. S. Musielak, prof. US), Klimatologii i Meteorologii Morskiej (prof. dr hab. K. Kożuchowski), Oceanografii Fizycznej (dr hab. J. P. Girjatowicz prof. US), Oceanografii Biologicznej (dr Z. Piesik), Teledetekcji i Kartografii Morskiej (dr K. Furmańczyk) oraz dodatkowo Pracownia Dydaktyki Geografii (dr N. Cybulska).

W następnych kilku latach struktura Instytutu ulegała kolejnym modyfikacjom, związanym z rozwojem kadrowym. W latach 1999-2004 INoM zajmował pomieszczenia wraz z innymi jednostkami Wydziału Nauk Przyrodniczych, w trzech budynkach, zlokalizowanych przy ul. Felczaka 3a, Wąskiej 13 i Kilińskiego. W tym czasie w Instytucie działało 9 zakładów naukowych oraz Muzeum Geologiczne, zatrudniających 12 samodzielnych pracowników naukowych (w tym 5 osób z tytułem profesora), 10 doktorów oraz 17 asystentów. Wysoko kwalifikowana kadra i osiągnięty poziom prac badawczych, umożliwiły uzyskanie przez Instytut Nauk o Morzu w roku 2003 prawa doktoryzowania w zakresie Nauk o Ziemi, w dyscyplinie Geografia.

Instytut Nauk o Morzu funkcjonował w ramach Wydziału Nauk Przyrodniczych przez 16 lat, aż do momentu powołania na bazie Instytutu w 2008 r. Wydziału Nauk o Ziemi. Wtedy z Instytutu Nauk o Morzu zostały wyłączone zespoły zajmujące się geografią społeczno-ekonomiczną, które utworzyły niezależne katedry: Geografii Społecznej i Turyzmu oraz Geografii Ekonomicznej i Polityki Regionalnej. Do roku 2016 w strukturze Instytutu Nauk o Morzu funkcjonowało 9 zakładów: Geologii i Paleogeografii, Geologii Morza, Geomorfologii Morskiej, Hydrografii i Gospodarki Wodnej, Klimatologii i Meteorologii Morskiej, Oceanografii Fizycznej, Paleooceanologii, Teledetekcji i Kartografii Morskiej oraz Pracownia Hydrologii Morskiej Strefy Brzegowej.

W październiku 2016 roku, decyzją Rady Wydziału Nauk o Ziemi struktura organizacyjna Instytutu Nauk o Morzu została nieco zmodyfikowana. Istniały wtedy następujące zakłady naukowe: Geologii i Paleogeografii (kier. prof. dr hab. R. K. Borówka), Geologii Morza (kier. prof. dr hab. R. Kotliński), Geomorfologii Morskiej (kier. prof. dr hab. S. Musielak), Paleooceanologii (kier. prof. dr hab. A. Witkowski), Teledetekcji i Kartografii Morskiej (kier. prof. dr hab. K. Furmańczyk) oraz pracownie: Hydrografii i Gospodarki Wodnej (kier. prof. dr hab. J. P. Girjatowicz), Klimatologii i Meteorologii (kier. dr hab. A. Cedro, prof. US), Oceanografii Fizycznej (kier. dr hab. R. Marks, prof. US), Hydrologii Morskiej Strefy Brzegowej (kier. dr hab. H. Kowalewska-Kalkowska, prof. US).

Na początku października 2018 nastąpiła zmiana na stanowisku dyrektora Instytutu Nauk o Morzu. Funkcję tę zaczął pełnić dr hab. inż. Andrzej Osadczuk. W związku z nową ustawa o szkolnictwie wyższym i nauce oraz związanymi z nią przygotowaniami Uniwersytetu Szczecińskiego do restrukturyzacji, 01.01.2019 roku rektor US powołał dr. hab. inż. Andrzeja Osadczuka na stanowisko pełnomocnika do sprawy organizacji dyscypliny „nauki o Ziemi i środowisku”.

Wraz z restrukturyzacją uczelni i utworzeniem nowych, dyscyplinowych instytutów, 01.10.2019 rektor US powierzył dr. hab. inż. Andrzejowi Osadczukowi pełnienie obowiązków dyrektora nowego Instytutu Nauk o Morzu i Środowisku. Ten nowy instytut powstał na bazie dawnego Instytutu Nauk o Morzu, którego kadra badawczo-dydaktyczna został wzbogacona o 17 pracowników dawnego Wydziału Biologii, deklarujących „nauki o Ziemi i środowisku” jako swoją dyscyplinę naukową.

Aktualnie pomieszczenia Instytutu znajdują się w 3 budynkach przy ul. Mickiewicza 18, 16 i 16a oraz w 2 budynkach przy ul. Wąska 13 i ul. Felczaka 3a (zajmowanych przez zespoły biologiczne).