W obecnej strukturze Instytutu nie wydzielono jednostek drugiego rzędu, ale funkcjonuje kilkanaście laboratoriów instrumentalnych, które w poprzedniej strukturze były przypisane do takich jednostek jak katedry i zakłady:

Clipboard01

Laboratorium geochemiczne

Clipboard07

Laboratorium hydrochemiczne

Clipboard04

Laboratorium granulometrii laserowej

Sedymentologia

Laboratorium sedymentologiczne

Laboratorium preparatyki petrograficznej

Laboratorium mineralogii,
petrografii i geologii złożowej

Laboratorium geologii inżynierskiej i geotechniki

Laboratorium oceanografii fizycznej

Laboratorium mikroskopii geologicznej i biologicznej

Laboratorium biologii morza

Laboratorium paleobiologii

lab

Laboratorium diatomologiczne

Laboratorium badań nad filogenezą i bioproduktami morskich bentosowych protista

Laboratorium genetyczne

Laboratorium dendrochronologiczne

Laboratorium taksonomii roślin i grzybów

Pozostałe jednostki

Oprócz wymienionych wyżej laboratoriów działalność badawcza Instytutu jest ściśle związana z funkcjonowaniem takich jednostek jak: