Sukces pracowników INoMiŚ w zsekwencjonowaniu genomu norki europejskiej

Międzynarodowy zespół naukowców pod kierunkiem pracowników Instytutu dr. inż. Jakuba Skorupskiego oraz dr. hab. inż. Przemysława Śmietany, prof. US, dokonał zsekwencjonowania genomu norki europejskiej, co stanowi ogromne osiągnięcie w dziedzinie ochrony przyrody i biologii ewolucyjnej. Międzynarodowy zespół, który tego dokonał stanowią: Centrum Norki Europejskiej (Polska), stowarzyszenie Wildtier- und Artenschutzstation e.V. (Niemcy), stowarzyszenie EuroNerz e.V. (Niemcy) oraz Uniwersytet Rokefellera (USA).

Ten referencyjny genom jest trudnym do przecenienia źródłem wiedzy do przyszłych badań nad genomiką populacyjną tego krytycznie zagrożonego gatunku. Norka europejska (Mustela lutreola) to niewielki drapieżnik, który, podobnie jak wydra i bóbr, prowadzi ziemno-wodny tryb życia i zamieszkuje gęsto zarośnięte brzegi rzek, strumieni i jezior. Gatunek ten był niegdyś szeroko rozprzestrzeniony na obszarze Europy, jednak w ciągu ostatnich kilku dziesięcioleci jego liczebność gwałtownie spadła do około 5 tysięcy osobników, a jego zasięg występowania drastycznie się skurczył i obejmuje dziś jedynie ok. 3% pierwotnego zasięgu (ryc. poniżej). Sprawia to, iż norka europejska jest dziś jednym z najbardziej zagrożonych gatunków ssaków na świecie, zaklasyfikowanym jako krytycznie zagrożony przez Czerwoną Listę IUCN. Do szybko postępującego wymierania norki europejskiej przyczyniło się przede wszystkim jej przetrzebienie, związane z pozyskiwaniem futerek, a także utrata siedlisk i ekspansja nierodzimego i inwazyjnego wizona amerykańskiego (Neogale vison), sprowadzonego do Europy w latach 20-tych ubiegłego wieku.

Rezultatem prac zespołu jest rozpoznanie kompletnej sekwencji nukleotydowej genomu norki europejskiej. Wykorzystana technologia długich odczytów PacBio HiFi, pozwoliła uzyskać genom wielkości 2,59 Gpz (miliard par zasad), w najwyższej możliwej jakości, określanej jako standard platynowy. Dodatkowo, 99,9% sekwencji genomu udało się przypisać do 20 chromosomów, a tym samym rozpoznać sekwencję nukleotydową wszystkich chromosomów gatunku. O wysokiej jakości zsekwencjonowanego genomu świadczy osiągnięcie imponującego wyniku kompletności BUSCO (Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs) na poziomie 98,2%. Wyniki badań opublikowane zostały w najnowszym numerze czasopisma International Journal of Molecular Sciences: https://doi.org/10.3390/ijms241914816