W obecnej strukturze Instytutu nie wydzielono jednostek drugiego rzędu, ale funkcjonuje kilkanaście laboratoriów instrumentalnych, które w poprzedniej strukturze były przypisane do takich jednostek jak katedry i zakłady:
W obecnej strukturze Instytutu nie wydzielono jednostek drugiego rzędu, ale funkcjonuje kilkanaście laboratoriów instrumentalnych, które w poprzedniej strukturze były przypisane do takich jednostek jak katedry i zakłady:

Laboratorium geochemiczne

Laboratorium hydrochemiczne

Laboratorium granulometrii laserowej

Laboratorium sedymentologiczne

Laboratorium preparatyki petrograficznej

Laboratorium mineralogii,
petrografii i geologii złożowej

Laboratorium geologii inżynierskiej i geotechniki

Laboratorium oceanografii fizycznej

Laboratorium mikroskopii geologicznej i biologicznej

Laboratorium biologii morza

Laboratorium paleobiologii

Laboratorium diatomologiczne

Laboratorium badań nad filogenezą i bioproduktami morskich bentosowych protista

Laboratorium genetyczne

Laboratorium dendrochronologiczne

Laboratorium taksonomii roślin i grzybów
Oprócz wymienionych wyżej laboratoriów działalność badawcza Instytutu jest ściśle związana z funkcjonowaniem takich jednostek jak: